马世耀，生年不详，死于大顺永昌二年（1645）一月十三日，陕北清涧人，随李自成一同参加农民起义，早期声名不著，在农民军中的活动情况不明。
崇祯十六年（1643）三月，李自成在襄阳建立农民政权，以八等军衔制分封麾下有功将士，马世耀被任为左营果毅将军。
同年八月，明三边总督孙传庭率陕军劲旅出潼关东进征剿李自成农民军，马世耀等奉命率左营进入河南，参加了南阳战役。在李自成的亲自指挥下，农民军大获全胜，孙传庭率边军残余仓惶退回陕西。随后，李自成率农军主力再次杀回关中，马世耀随左营出征。
十月初六日，农民军一举攻破潼关，孙传庭死于败逃西安途中， 李自成即委任世耀为潼关守将，率左营七千将士扼守潼关天险。随后，李自成率农军主力向关中进军。
马世耀身负重任，在潼关积极联络当地绅民，组建农民军地方政权，在当地颇有影响，史载， 潼关河西、新关等地的民众“备具羊酒，争相结识马总兵” 。
永昌元年（1644）正月，李自成在西安建立大顺国，未称帝，仅称顺王，大封有功之臣，马世耀积功被封巫山伯。山海关之役惨败后，李自成放弃北京西遁。
1645年（永昌二年）正月，清军在豫亲王、靖远大将军多铎、平西伯吴三桂等人的率领下追剿大顺军进抵潼关，潼关乃西安门户，潼关若失，西安则无险可守，岌岌可危，马世耀急送紧急情报示警求援。李自成正率大顺军主力驰援陕北，闻讯掉头直奔潼关，率大顺军精锐与八旗劲旅在潼关外进行了多次交锋、鏖战，双方皆有伤亡，一时相持不下。两军正在对峙时，阿济格率北路清军攻至延安、大西军悍将李定国袭夺汉中的消息传至，西安处在东、北两路清军与盘踞四川之张献忠大西军三路夹攻之下，局势危殆，十一日， 李自成经反复权衡后留马世耀率本部七千人马死守潼关，自率大顺军主力驰返长安。
十二日，清军红夷大炮运至，旋即开始全力攻打潼关。马世耀部守军在敌军猛烈的炮火下被炸得血肉横飞，他思忖凭自己的数千将士绝难抵挡清军八旗主力和威力巨大的红夷巨炮轮番猛攻，遂竖起降旗，开关城伪降于清军，一边写密信派心腹连夜混出去送至西安，约李自成火速回师潼关，里应外合，攻灭清军。不料信使在半道上为伏路清军所擒获，缝在衣襟里的密信被搜出。多铎得知马世耀诈降后不动声色，暗中偷偷布置。
十三日，多铎伪称打猎解闷，邀世耀同去，在潼关城西南面的金盆口埋伏了大批全副武装的清兵，行猎后摆下酒宴，以邀请马世耀和大顺军官兵赴宴为名，解除了大顺军的武器装备，随后一声号令，伏兵四出，将赤手空拳的马世耀及所部七千将士围杀殆尽。
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